Tor:
Jörg Butt, Thomas Kraft, Michael Rensing
Abwehr:
Breno, Daniel van Buyten, Martín Demichelis, Philipp Lahm, Christian Lell, Lucio, Massimo Oddo, Willy Sagnol
Mittelfeld:
Hamit Altintop, Mark van Bommel, Tim Borowski, Stephan Fürstner, Toni Kroos, Andreas Ottl, Frank Ribery, Bastian Schweinsteiger, José Sosa, Zé Roberto
Sturm:
Miroslav Klose, Thomas Müller, Lukas Podolski, Luca Toni, Landon Donovan
Trainer:
Jürgen Klinsmann -> Trainerwechsel während der Saison: Jupp Heynckes
17.09.2008 Steaua Bukarest : FC Bayern München 0:1
30.09.2008 FC Bayern München : Olympique Lyon 1:1
21.10.2008 FC Bayern München : AC Florenz 3:0
05.11.2008 AC Florenz : FC Bayern München 1:1
25.11.2008 FC Bayern München : Steaua Bukarest 3:0
10.12.2008 Olympique Lyon : FC Bayern München 2:3
25.02.2009 Sporting Lissabon : FC Bayern München 0:5
10.03.2009 FC Bayern München : Sporting Lissabon 7:1
08.04.2009 FC Barcelona : FC Bayern München 4:0
14.04.2009 FC Bayern München : FC Barcelona 1:1
Wie auch zwei Jahre zuvor, verlor der FC Bayern München gegen den späteren Champions League Sieger. Der FC Barcelona setzte sich im Finale in Rom gegen Manchester United mit 2:0 Toren durch.
Torschützen für Barcelona waren Samuel Eto'o und Lionel Messi.